(一) 維修組：分機200-214
資收廠機具器械保養維護、設備歲修與改善、未來評估規劃及其他指定事項。
(二) 操作組：分機300-309
資收廠垃圾焚化之運轉操作、污染防治及鍋爐、發電、儀表、電氣等設備之管理、公害防治規劃、灰渣處理、進廠作業管制及其他指定事項。
(三) 掩埋場暨廚餘管理組：550-554 , 560-564分機
掩埋場與堆肥廠營運管理及修繕維護、場地多功能使用規劃管理及水肥轉運等事項。
(四) 焚化廠管理組：南區廠 Tel : 8039802 傳真:8039829 分機2000-2007 仁武廠 Tel : 3743855 傳真:3740754 分機102-105 161-162 岡山廠 Tel : 6241168 傳真:6241175 分機 124 , 128 , 132
南區廠、仁武廠、岡山廠之促參案件履約管理、回饋金及回饋設施管理、代處理廢棄物收費、進出廠作業與營運計畫協調及其他指定事項。
(五) 職業安全衛生室：分機600-603 職業安全衛生管理事項之擬訂、規劃、督導及推動、資收廠丙類危險性工作場所製程安全評估、資收廠法定優先管理化學品管理及申報、資收廠危險性機械設備管理、職業安全衛生教育訓練、員工健康管理與促進、職業災害預防與應變。 (六) 秘書室：分機400-413
文書、印信典守、財產管理、庶務、出納、中區廠回饋金及回饋設施管理及其他不屬各組、室事項。
(七) 會計室：分機500-503
依法辦理歲計、會計及統計事項。
(八) 人事室：分機800-803
依法辦理人事管理事項。
(九) 政風室：分機700-702
依法辦理政風事項。